De Mexicaanse griep mag dan al geen lachertje zijn, het is niets vergeleken met de virale infectie die Manhatten teistert in Prototype. Het virus verspreidt zich als een lopend vuurtje en geïnfecteerden worden simpelweg afgrijselijke monsters. Alleen de mysterieuze Alex Mercer blijkt niet zo veel last te hebben van de ziekte. Goed, als hij daar zin in heeft, loopt hij letterlijk de muren op, tovert hij vlijmscherpe klauwen aan zijn handen, verandert hij zijn vuist in een hamer, zweep of schild, consumeert hij een mens, transformeert vervolgens in die persoon en dergelijke meer, maar deze superkrachten zijn eerder een voor- dan een nadeel in de zoektocht naar zijn geheugen en de verantwoordelijken voor dit alles.
Wanneer Alex Mercer plotseling ontwaakt net voor zijn autopsie, is meteen duidelijk dat hij niet echt nog menselijk genoemd kan worden. Wat er dan wel met hem is gebeurd, is een raadsel. Alex is echter vastberaden deze zaak tot op de bodem uit te spitten en de verantwoordelijken te vinden. Medelijden is dan ook iets dat niet in zijn woordenboek staat, de gevoelige gamer is gewaarschuwd!
Parkour
Zodra je de controller voor het eerst in je handen neemt, merk je wat het verschil is tussen dit spel en andere. Alex beweegt zich namelijk in ware Parkour-stijl en heeft daarbij behoorlijk wat vrijheid. Zo kan hij zonder problemen een wolkenkrabber oplopen, van het ene dak naar het andere springen en vervolgens door de lucht weer naar beneden zweven. Het is even wennen – zeker als je snel misselijk wordt – maar eenmaal je het onder de knie hebt, is het echt een fantastische manier om door de stad te bewegen. Prototype is dan ook een van de weinige spellen waar je het niet vervelend zal vinden om zonder voertuig van de ene kant van de stad naar de andere te gaan. Overigens heb je verderop in het spel wel de mogelijkheid om tanks en helikopters te kapen.
Infiltreren, consumeren en vooral veel doden
Om de verhaallijn uit te rollen werd het spel opgedeeld in missies. De ene keer zet je een stevige achtervolging in om iemand te redden, de andere keer zal je je moeten vermommen en in de huid
