Kies je echter de Zerg-campagne dan neem je de rol aan van een ‘cerebrate’ in de Zerg-gevechtslinies. Het is jouw taak om de ‘crysalis’ te beschermen. Deze crysalis zal later uitkomen en als ‘kind’ de geïnfesteerde Sarah Kerrigan ter wereld brengen.
Op hetzelfde moment zijn er ‘Dark Templars’ bezig (= speciale eenheden van de Protoss) met cerebrates te vermoorden omdat zij de enige eenheden zijn die cerebrates kunnen vermoorden zonder dat deze worden ‘respawned’ (= herboren) door het ‘Overmind’ (= de ‘Big Boss’ van de Zerg-eenheden).
Terwijl Tassadar (= ‘Hoge Templar’ van de Protoss) Kerrigan afleidt, komt het Overmind in contact met Zeratul (= Leider van de Dark Templars) en komt op deze manier de locatie van de Protoss-thuiswereld, Aiur, te weten. Waarna er onmiddellijk een aanval op de Protoss-thuiswereld wordt gelanceerd. Ondanks hevige tegenstand word de planeet vernietigd van en neemt de Zerg de thuisplaneet in.
Als laatste keus is er de Protoss-campagne kiezen. Daarin krijg je de rol aangewezen van een Fleet executor, die onder leiding van de Conclave de Zerg moet proberen uit te roeien op hun thuisplaneet Aiur. Op 1 van je missies kom je echter Tassadar, de vroeger Hoge Templar die als verrader werd bestempeld door de Hoge Raad, tegen en ga je uiteindelijk in zee met hem. Dit draait dan uit in een burgeroorlog tegen de Conclave en de Khala.
Uiteindelijk bewijzen Tassadar en de Dark Templar zich tegenover de Conclave door twee cerebrates te doden.
De banden tussen de verloren zonen en de Conclave worden hersteld. Samen met Raynor en zijn