THQ maakte een vervolg op de eerste videogame van The Incredibles. In dit vervolg wordt Bob Parr, de held in dit verhaal en beter gekend als Mr. Incredible, opgeroepen voor een ultrageheime missie op een afgelegen eiland. Maar niet alles lijkt wat het is. Frederik mocht zijn superpak aantrekken en gaan uitzoeken hoe het allemaal echt in elkaar zat. 
Mister Incredible moest noodgedwongen zijn superpak aan de kant leggen en leidde met zijn vrouw en drie kinderen een teruggetrokken leven. Tot hij op een dag wordt opgeroepen om op een geheime missie te vertrekken. Al vlug blijkt dat hij te maken krijgt met de Ondermijner, een genie van het derde knoopsgat dat uit is op wraak. In feite begint het spel waar de animatiefilm eindigde.
Terwijl Mr. Incredible’s vrouw en kinderen boven de grond orde op zaken proberen te stellen, probeert hijzelf de ondergrond aan te pakken. Hij hoeft dat niet alleen te doen, want Frozone, de vriend des huizes, vergezelt hem.
In dit spel moet je het opnemen tegen talloze vijanden, die bommen, kogels, robots en laserwapens op je afsturen. Gelukkig kan je altijd reken op je superkrachten. Die kan je doorheen het spel upgraden door ervaringspunten op te doen. Je superkrachten gaan van supersnelheid tot elasticiteit.